2009年度国家自然科学奖获奖项目（京区）
| 一等奖 | |
| 项目名称 | 主要完成人 |
| 《中国植物志》的编研 | 钱崇澍（中国科学院植物研究所） 陈焕镛（中国科学院华南植物园） 吴征镒（中国科学院昆明植物研究所） 王文采（中国科学院植物研究所） 李锡文（中国科学院昆明植物研究所） 胡启明（中国科学院华南植物园） 陈艺林（中国科学院植物研究所） 陈心启（中国科学院植物研究所） 崔鸿宾（中国科学院植物研究所） 张宏达（中山大学） |
| 二等奖 | |
| 项目名称 | 主要完成人 |
| 非线性偏微分方程的自适应与多尺度计算方法 | 陈志明（中国科学院数学与系统科学研究院） |
| 半导体低维结构光学与输运特性 | 李树深（中国科学院半导体研究所） 孙宝权（中国科学院半导体研究所） 李新奇（中国科学院半导体研究所） 江德生（中国科学院半导体研究所） 夏建白（中国科学院半导体研究所） |
| 太阳磁场结构和演化研究 | 汪景琇（中国科学院国家天文台） |
| 多相体系的化学反应工程和反应器的基础研究及应用 | 毛在砂（中国科学院过程工程研究所） 陈家镛（中国科学院过程工程研究所） 杨超（中国科学院过程工程研究所） 王跃发（中国科学院过程工程研究所） |
| 大别山－苏鲁大陆深俯冲及其对华北克拉通的影响 | 叶凯（中国科学院地质与地球物理研究所） 张宏福（中国科学院地质与地球物理研究所） 王清晨（中国科学院地质与地球物理研究所） 杨建军（中国科学院地质与地球物理研究所） 刘景波（中国科学院地质与地球物理研究所） |
| 土壤-植物系统典型污染物迁移转化机制与控制原理 | 朱永官（中国科学院生态环境研究中心） 王子健（中国科学院生态环境研究中心） 张淑贞（中国科学院生态环境研究中心） 王春霞（中国科学院生态环境研究中心） 陈保冬（中国科学院生态环境研究中心） |
| 能源动力系统中能的综合梯级利用和co2控制原理与方法 | 金红光（中国科学院工程热物理研究所） 蔡睿贤（中国科学院工程热物理研究所） 林汝谋（中国科学院工程热物理研究所） 张娜（中国科学院工程热物理研究所） 高林（中国科学院工程热物理研究所） |
